Ca și ceilalți pomi fructiferi, mărul cade adesea pradă bolilor și paraziților specifici, datorită unei varietăți de cauze. Dintre acestea, un rol important în procesul de îmbolnăvire îl dețin sensibilitatea fiecărei specii, administrarea necorespunzătoare a insecticidelor și lipsa îngrijirii pomului fructifer. Din acest motiv, măsurile de prevenire și combatere ale afecțiunilor constau tocmai în respectarea condițiilor de igienă ale livezii, și în intervenția corectă cu substanțe chimice la nivelul fructelor. Moliile, viermii, insectele defoliatoare și afidele mărului sunt cei mai cunoscuți dăunători ai acestui pom fructifer. Dacă pe parcursul iernii aceștia au trecut prin fazele de dezvoltare caracteristice (larvă și pupă), în primăvară procesul încetează, dăunătorii făcându-și apariția ca adulți. Așadar, merele care prezintă semne de infestare și cele aflate pe jos trebuie adunate pentru a fi arse sau distruse într-un alt mod. Se vor evita rănile mecanice produse la nivelul fructelor și crengilor sănătoase deoarece acestea sunt puncte vulnerabile care favorizează apariția bolilor. Este posibilă lupta împotriva dăunătorilor fără substanțe chimice, însă s-a dovedit extrem de dificilă chiar și pentru specialiști. În centrele mari cu produse pentru grădină se găsesc capcane ce au aspectul unor benzi adezive galbene sau al unor sfere roșii mari, asemănătoare cu merele. Fiind tratate cu un extract lipicios atrag insectele mascul, le rețin și le împiedică să se mai înmulțească. Cu toate acestea, capcanele sunt folosite în primul rând pentru a semnala prezența insectelor, nu pentru a le combate.
